روش اقامتی بهبودی پرهیزمدار جهت اجرا اگر چه الزاما دارای یک پروتکل و دستورالعمل مشخص، کادر درمان، قوانین و ضوابط تعریف شده به همراه نظم و تمرکز می باشد، اما جهت اجرا نباید دارای یک ساختار سازمانی پیچیده، بروکراتیک و ماشینی و غیرانعطاف پذیر باشد. در روش اقامتی بهبودی پرهیزمدار پاک بودن (پرهیز) بر ساختار سازمانی تقدم دارد. شیوه پذیرش داوطلبانه و آگاهانه، داشتن انگیزه و تعهد مراجع برای درمان، آزادی عمل بیمار برای انصراف از درمان و نقش اساسی گروه همتایان (راهنمایان) در اجرای روش اقامتی بهبودی پرهیزمدار، با توجه به این مولفه ها ذکر شده می طلبد ساختار سازمانی جهت اجرای روش اقامتی بهبودی پرهیزمدار چنان طراحی شود تا امکان آزادی عمل در خلاقیت و نوآوری، انعطاف پذیری و پویایی را برای اجرای موفقیت آمیز درمان و بازتوانی فراهم کند. این ساختار سازمانی شباهت به ادهوکراسی – Adhocracy – دارد تا بروکراسی – Bureaucracy – خشک و غیرانعطاف پذیر.
نصیرطالبی